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西暦2199年、地球は謎の異星人「ガミラス」の攻撃で滅亡の危機に瀕していた。ガミラスの遊星爆弾による攻撃で海は干上がり、地球上の生物の大半は死滅した。残された僅かな人類は地下都市を建設してガミラスの攻撃に耐えていたが、地下にまで浸透してきた放射能によって人類の滅亡まであと1年余りに迫っていた。そんなある日の事、地球上にイスカンダルからのメッセージカプセルが届けられた。そこに記されていたのは、波動エンジンの設計図とイスカンダルの正確な座標であった。後日、地球防衛軍はそれらの情報に加えて、彼らには放射能除去装置を渡す意思があると発表。その情報を信じ地球の最後の希望を乗せた宇宙戦艦ヤマトはイスカンダルへと旅立った。